• وابستگی به فناوری: پلتفرم‌های آنلاین به طور کامل به فناوری وابسته هستند، به این معنی که هرگونه اختلال در اینترنت یا سیستم‌ها می تواند منجر به اختلال در عملیات شود.
• مسائل امنیتی داده‌ها: پلتفرم‌های آنلاین حجم زیادی از داده‌های حساس را جمع آوری و ذخیره می‌کنند، که آنها را در معرض خطر هک شدن قرار می‌دهد.
• عدم استانداردسازی: فقدان استانداردسازی در بین پلتفرم‌های مختلف می‌تواند ادغام داده‌ها و همکاری بین ذینفعان مختلف را دشوار کند.
• مقاومت در برابر تغییر: برخی از صاحبان بار و اپراتورهای حمل و نقل ممکن است نسبت به اتخاذ فناوری‌های جدید و تغییر فرآیندهای سنتی خود مقاومت کنند.

با وجود این چالش ها، مزایای استفاده از پلتفرم های آنلاین در حمل و نقل و لجستیک قابل توجه است و با استفاده از پلتفرم‌های معتبر می‌توان با چالش‌های این حوزه تا حد زیادی مقابله کرد.